তৎকালীন সরকার রাজনৈতিক মতানৈক্য সামাল দিতে ব্যর্থ হলে, পশ্চিমবঙ্গ জুড়ে দ্বিতীয় দফার রাষ্ট্রপতি শাসন জারি হয়। এ সময় ভারতের রাষ্ট্রপতি পদে দায়িত্বে ছিলেন বরাহগিরি ভেঙ্কট গিরি। রাজ্যপাল পদে তখনও বহাল শ্রী ধর্মবীর।
প্রথমবারের রাষ্ট্রপতি শাসন চলাকালীন, রাজ্য জুড়ে শান্তি প্রতিস্থাপনের জন্য রাজনৈতিক দলগুলি আলোচনার মাধ্যমে আবারও স্থিতিশীল সরকার গঠনে সচেষ্ট হয়। ফলস্বরূপ ২৫ ফেব্রুয়ারি, ১৯৬৯ মুখ্যমন্ত্রী পদে ফিরিয়ে আনা হয় অজয়কুমার মুখোপাধ্যায়কে। অভিজ্ঞ ও নিরপেক্ষ রাজনৈতিক ব্যক্তিত্ব হিসেবে জনগণের কাছে রীতিমতো গ্রহণযোগ্যতা ছিল অজয়কুমার মুখোপাধ্যায়ের।
যদিও এই সিদ্ধান্ত কার্যকর হয় না। সুচারুভাবে রাজ্য পরিচালনা অসম্ভব হয়ে পড়ে তাঁর পক্ষে। সরকারের অভ্যন্তরীণ দ্বন্দ্ব ও রাজনৈতিক অস্থিরতার কারণে অজয়কুমার মুখোপাধ্যায় ১৬ মার্চ, ১৯৭০ সালে মুখ্যমন্ত্রী পদ ছাড়তে বাধ্য হন। এমতাবস্থায় দ্বিতীয়বার রাষ্ট্রপতি শাসন জারি হয় পশ্চিমবঙ্গে।
যদিও এই সিদ্ধান্ত কার্যকর হয় না। সুচারুভাবে রাজ্য পরিচালনা অসম্ভব হয়ে পড়ে তাঁর পক্ষে। সরকারের অভ্যন্তরীণ দ্বন্দ্ব ও রাজনৈতিক অস্থিরতার কারণে অজয়কুমার মুখোপাধ্যায় ১৬ মার্চ, ১৯৭০ সালে মুখ্যমন্ত্রী পদ ছাড়তে বাধ্য হন। এমতাবস্থায় দ্বিতীয়বার রাষ্ট্রপতি শাসন জারি হয় পশ্চিমবঙ্গে।
তবুও দ্বিতীয়বারের রাষ্ট্রপতি শাসন চলাকালীন যখন আবারও স্থিতিশীল সরকার গঠনে সচেষ্ট হয় শাসকমহল, তখন আরও একবার উঠে আসে অজয়কুমার মুখোপাধ্যায়ের নাম। ২ এপ্রিল, ১৯৭১ পশ্চিমবঙ্গে দ্বিতীয় দফার রাষ্ট্রপতি শাসন শেষ হয়। শৃঙ্খলা পুনঃপ্রতিষ্ঠার উদ্দেশ্যে প্রবীণ রাজনীতিবিদদের পরামর্শে, আবারও ফিরিয়ে আনা হয় অজয়কুমার মুখোপাধ্যায়কে। এই নিয়ে তৃতীয়বার পশ্চিমবঙ্গের মুখ্যমন্ত্রী পদের গুরুভার তুলে নেন তিনি।
